La solución fue ir a C:\Program Files\Adobe\Flex Builder 3\Player\10\win e instalar el archivo Install Flash Player 10 ActiveX.exe.
En la misma sesión y sin cerrar ni resetear el Flex Builder pude realizar el debug sin problemas.
Nota: les va a dar un error si tienen algún navegador abierto, lo cierran y continúan con la instalación sin problemas